Logiciel de facturation : que vérifier avant d’en changer ?

En bref

• Gardez vos factures et pièces justificatives 10 ans, dans leur format d’origine : un export en tableur ne les remplace pas.
• Si votre comptabilité est tenue dans l’outil, récupérez le fichier des écritures comptables (FEC) de chaque exercice : en cas de contrôle, c’est à vous de le fournir.
• Entre professionnels, pas de loi Chatel : votre contrat fixe le préavis et la date de reconduction.
• Changer de plateforme de facture électronique ne résilie pas l’ancien contrat.

Un cas type : le changement de cabinet en cours d’année

Prenons une gérante de SARL qui change d’expert-comptable au printemps. Le nouveau cabinet travaille sur son propre logiciel et lui propose d’y faire aussi sa facturation. C’est plus simple pour tout le monde. Elle accepte, et résilie l’ancien abonnement dans la foulée.

À l’automne, un client conteste une facture de l’année précédente. L’ancien compte est fermé. Il reste quelques PDF téléchargés au fil de l’eau, pas tous, et aucun export complet. Selon le contrat, l’éditeur a peut-être encore les données, peut-être plus.

Le nouvel outil n’y est pour rien. Tout s’est joué le jour de la résiliation.

Un nouvel expert-comptable amène souvent un nouvel outil

On change rarement de logiciel de facturation par envie. Souvent, le nouveau cabinet travaille sur son propre outil et propose d’y faire votre facturation : vos factures et votre comptabilité au même endroit. D’autres fois, c’est une nécessité, quand votre outil actuel ne suit pas la facture électronique.

Dans les deux cas, la décision se prend vite, sur la recommandation de quelqu’un d’autre. La sortie de l’ancien outil, elle, reste à votre charge.

Si vous changez aussi de cabinet, demandez-lui avant de partir les FEC de chaque exercice et vos pièces. Réglez la question des honoraires en même temps.

Changer en cours d’année : c’est votre contrat qui décide

Pour la plateforme qui reçoit vos factures électroniques, les textes prévoient une procédure de changement à tout moment. Pour le logiciel, c’est votre contrat qui fixe les conditions de sortie.

Le plus important est la coupure : une date à partir de laquelle toutes les nouvelles factures partent du nouvel outil, et plus aucune de l’ancien. Deux outils qui facturent en parallèle, c’est le moyen le plus sûr de créer des doublons.

Avant de résilier : exportez ce que vous devez garder 10 ans

Gardez vos factures et vos pièces justificatives 10 ans, par prudence et parce que c’est l’obligation pour les sociétés commerciales. L’administration fiscale, elle, peut les demander pendant 6 ans.

Une facture émise ou reçue sous forme électronique se conserve sous cette forme. Un export en tableur ou des PDF régénérés ne la remplacent pas. Avant de résilier, récupérez :

• vos factures émises et reçues, dans leur format d’origine : fichier structuré, Factur-X, PDF signé ;
• le FEC de chaque exercice, si votre comptabilité est tenue dans l’outil ;
• votre fichier clients, avec le SIREN de chacun, et votre catalogue de prestations ;
• le dernier numéro de facture émis, dans chaque série.

Ouvrez ensuite quelques fichiers au hasard, pour vérifier qu’ils sont lisibles et complets.

L’archivage que propose votre éditeur relève de votre contrat ; la conservation, elle, reste votre obligation. Cherchez dans les conditions ce que deviennent vos données après la résiliation : durée d’accès, date de suppression, format et coût de l’export. Un règlement européen encadre depuis 2025 le changement de fournisseur de logiciel en ligne, notamment l’export des données et les frais : vérifiez ce que prévoit votre contrat.

La numérotation reste continue d’un outil à l’autre

Vos numéros de facture forment une suite unique et continue, sans trou ni doublon. Changer d’outil ne doit pas la casser.

Notez le dernier numéro émis dans l’ancien logiciel, et paramétrez le nouveau pour qu’il reprenne au numéro suivant. Ne réutilisez jamais un numéro déjà attribué, même à une facture annulée.

Les règles de numérotation, et comment corriger une facture déjà envoyée : Facture déjà envoyée : comment la corriger dans les règles ?

Le nouvel outil est-il prêt pour la réforme ?

Avant de signer, demandez par écrit à l’éditeur par quelle plateforme agréée son outil émet et reçoit les factures électroniques : le reste est détaillé dans Facture électronique : qu’est-ce qui change pour une TPE, et quand ?

Changer de plateforme ne résilie pas l’ancien contrat

Si votre ancien logiciel recevait aussi vos factures électroniques, vous changez de plateforme agréée. C’est possible à tout moment, selon une procédure fixée par les textes :

• vous signez avec la nouvelle plateforme un accord daté, qui désigne l’ancienne et fixe la date de bascule ;
• la nouvelle plateforme prévient l’ancienne, puis met à jour l’annuaire central. Comptez quelques semaines, et fixez la date de bascule en conséquence ;
• pendant un an, l’ancienne plateforme continue de gérer le suivi de traitement de vos factures, et vous fournit sur demande les informations utiles à la continuité de votre activité.

Attention : ce changement ne met pas fin à votre contrat avec l’ancienne plateforme ou l’ancien logiciel. Résiliez-le à part, selon ses propres clauses. Et cette année de maintien ne garantit pas l’accès à vos archives : exportez-les avant.

Quand basculer : dans cet ordre, contrat en main

Entre professionnels, pas de loi Chatel : c’est votre contrat qui fixe le préavis et la date de reconduction. Retrouvez-le avant de décider. Puis, dans l’ordre :

1. Notez la date limite de résiliation et le préavis.
2. Exportez vos factures, vos FEC et votre fichier clients, puis vérifiez les exports.
3. Paramétrez le nouvel outil : fichier clients, mentions, numérotation. S’il doit aussi recevoir vos factures électroniques, signez l’accord de changement de plateforme.
4. Basculez à une date fixe, de préférence en début de mois, loin d’une échéance de TVA ou d’une clôture.
5. Résiliez l’ancien contrat avant sa date limite, une fois les exports vérifiés. S’il recevait vos factures électroniques, attendez d’abord que la nouvelle plateforme ait mis à jour l’annuaire.

Quand se faire aider

Un changement de cabinet et un changement de logiciel se préparent ensemble : ce que l’un exporte, l’autre doit pouvoir le reprendre.

Je n’ai aucun logiciel à vous vendre et ne touche aucune commission d’un éditeur. Mon rôle est ailleurs : dresser la liste de ce qu’il faut récupérer, lancer et vérifier les exports, reprendre votre fichier clients et régler la numérotation dans le nouvel outil.

Pour une clause contestée, ou des documents qu’un ancien cabinet ne restitue pas, adressez-vous à un avocat ou au conseil régional de l’ordre des experts-comptables.

Pendant un appel découverte, nous regardons ce que vous utilisez aujourd’hui, et ce qu’il faut récupérer avant de résilier.

Réserver un appel découverte

Pour aller plus loin :

• Facture électronique : qu’est-ce qui change pour une TPE, et quand ?
• Facture déjà envoyée : comment la corriger dans les règles ?
• Comment je protège vos données

Cet article donne une information générale, à jour à sa date de mise à jour. Pour votre situation, demandez l’avis de votre expert-comptable, d’un avocat ou de l’organisme concerné.